Ecological Archives E085-100-A4

Mark Vellend. 2004. Parallel effects of land-use history on species diversity and genetic diversity of forest herbs. Ecology 85:3043–3055.

Appendix D. Tables showing genetic data for Trillium grandiflorum.

Table D1. Frequencies of alleles and haplotypes (and sample sizes, n) for molecular marker loci in 17 primary populations of Trillium grandiflorum in Tompkins County, New York, USA.

Locus		Stand (Primary Forests)
	Allele / Haplo-type	1A	1B	1C	1D	1E	1F	1G	1H	1I	1J	1K	1L	1M	1N	1O	1P	1Q
cpDNA†	n	23	25	24	22	22	24	20	22	20	22	25	23	24	23	23	23	20
	FA	0.57	0.96	1	0.68	0.41	1	0.3	0.55	0.8	1	0.4	0.78	0.83	0.52	0.91	0.43	0.45
	SA	0.43	0.04	0	0.32	0.55	0	0.6	0.41	0.2	0	0.2	0.22	0.17	0.48	0.09	0	0.55
	SB	0	0	0	0	0.05	0	0.1	0.05	0	0	0.4	0	0	0	0	0.57	0
micro44‡	n	22	23	24	23	24	22	22	23	23	22	24	23	23	24	24	22	23
	188	0.18	0.35	0.35	0.2	0.04	0.18	0	0.35	0.07	0.05	0.02	0.11	0.09	0.15	0.08	0.09	0.22
	190	0.2	0.02	0.04	0.22	0.1	0.3	0.02	0.15	0.24	0.32	0.17	0.37	0.07	0.08	0.1	0.14	0.22
	192	0.05	0.22	0.06	0.09	0.02	0.36	0.23	0.04	0.48	0.36	0.13	0.17	0.35	0.06	0.02	0.11	0.02
	194	0.09	0.04	0	0.02	0	0.02	0.09	0.09	0.02	0	0.06	0	0	0	0	0	0.13
	196	0	0	0	0	0	0	0	0.02	0	0	0	0	0	0	0	0	0
	198	0.05	0.04	0.1	0.13	0.4	0.05	0.39	0.09	0.11	0.09	0.33	0.22	0.11	0.13	0.25	0.18	0.02
	200	0	0.04	0.04	0.02	0.02	0	0.05	0.02	0	0.02	0.06	0	0.07	0	0	0.05	0.04
	202	0.39	0.22	0.29	0.26	0.4	0.09	0.23	0.24	0.09	0.14	0.19	0.13	0.13	0.42	0.31	0.43	0.3
	204	0.05	0.07	0.1	0.07	0.02	0	0	0	0	0.02	0.04	0	0.2	0.17	0.23	0	0.04
micro 51	n	24	23	24	24	25	20	21	24	23	23	23	25	22	24	20	21	24
	110	0	0	0	0	0	0	0	0	0.02	0	0	0	0.02	0	0	0	0
	112	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
	114	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
	118	0.1	0.02	0.02	0.1	0	0.25	0	0.04	0.24	0.26	0.04	0.28	0	0.02	0	0.02	0.02
	120	0.44	0.17	0.52	0.38	0.52	0.4	0.52	0.1	0.41	0.54	0.26	0.2	0.25	0.6	0.73	0.4	0.6
	122	0	0.07	0.1	0.35	0.08	0.08	0.07	0.46	0	0.11	0.11	0.26	0.07	0.1	0	0.14	0.17
	124	0.29	0.52	0.19	0.13	0.28	0.28	0.26	0.33	0.33	0.07	0.28	0.26	0.3	0.17	0.23	0.38	0.1
	126	0.17	0.22	0.17	0.04	0.12	0	0.14	0.06	0	0.02	0.3	0	0.34	0.1	0.05	0.05	0.1
	128	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.02	0	0	0	0
micro 8	n	24	23	25	24	26	22	24	24	23	24	24	25	24	25	24	23	24
	425	0.31	0	0.14	0.21	0.38	0.48	0.31	0.15	0.54	0.13	0.27	0.32	0.08	0.16	0.21	0.39	0.21
	427	0.23	0.63	0.48	0.29	0.12	0.34	0.04	0.38	0.33	0.4	0.17	0.3	0.38	0.18	0.13	0.3	0.1
	431	0	0	0	0	0.08	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
	433	0	0	0.04	0	0.04	0	0	0	0	0	0	0	0	0.02	0	0	0
	437	0.1	0.09	0.04	0.04	0.13	0.02	0.17	0.08	0	0.04	0.46	0	0.17	0.02	0	0.13	0.04
	439	0.23	0.11	0.22	0.23	0.13	0.11	0.17	0.15	0.09	0.31	0.06	0.2	0.13	0.48	0.5	0	0.44
	443	0.08	0.04	0	0.06	0.08	0.05	0.1	0.17	0	0	0	0.02	0.13	0.02	0	0.13	0.08
	null	0.04	0.13	0.08	0.17	0.04	0	0.21	0.08	0.04	0.13	0.04	0.16	0.13	0.12	0.17	0.04	0.13
MDH	n	40	40	40	40	40	38	39	40	40	40	39	40	40	40	40	40	40
	A	0	0	0	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0	0.01	0	0	0	0	0	0	0.01
	B	1	1	1	0.99	0.98	0.99	0.95	0.99	1	0.99	1	1	1	1	1	1	0.99
MNR	n	40	40	40	40	40	38	39	39	40	40	39	40	40	40	40	40	40
	A	0.25	0.08	0.05	0.21	0.29	0.37	0.15	0.19	0.23	0.3	0.21	0.34	0.13	0.01	0.25	0.28	0.05
	B	0.15	0.33	0.31	0.18	0.19	0.41	0.1	0.29	0.4	0.44	0.17	0.24	0.36	0.14	0.26	0.23	0.11
	C	0.4	0.53	0.45	0.36	0.31	0.21	0.31	0.32	0.34	0.19	0.32	0.29	0.41	0.7	0.41	0.35	0.65
	D	0.2	0.08	0.19	0.25	0.21	0.01	0.44	0.18	0.04	0.08	0.31	0.14	0.1	0.15	0.08	0.15	0.19
	E	0	0	0	0	0	0	0	0.01	0	0	0	0	0	0	0	0	0
PGD	n	40	40	40	40	40	38	39	40	40	40	39	40	40	40	40	40	40
	A	0.1	0.06	0.1	0.13	0.25	0.25	0.09	0.1	0.45	0.25	0.1	0.38	0.13	0.08	0.05	0.18	0.04
	B	0.9	0.94	0.9	0.88	0.75	0.75	0.91	0.9	0.55	0.75	0.9	0.63	0.88	0.93	0.95	0.83	0.96
PGI	n	40	40	40	40	40	38	39	40	40	40	39	40	40	40	40	40	40
	A	0.05	0.01	0	0.05	0.05	0.07	0.04	0	0.16	0.01	0.12	0.05	0.03	0.11	0	0.04	0.01
	B	0.95	0.99	1	0.95	0.95	0.93	0.96	1	0.84	0.99	0.88	0.95	0.98	0.89	1	0.96	0.99

^† S or F refer to a difference in size of a ~250bp DNA fragment produced when the HK region is cut with AluI; the larger fragment runs "Slow", the smaller one "Fast".  A or B refers to the presence (A) or absence (B) of a restriction site cut by MspI.

^‡ Microsatellite allele names indicate their size (bp).

Table D2. Frequencies of alleles and haplotypes (and sample sizes, n) for molecular marker loci in 10 secondary populations of Trillium grandiflorum in Tompkins County, New York, USA.

<