Ecological Archives A022-033-A2

Kevin M. Potter and Christopher W. Woodall. 2012. Trends over time in tree and seedling phylogenetic diversity indicate regional differences in forest biodiversity change. Ecological Applications 22:517–531

Appendix B. Phylogenetic supertree encompassing all species in the USDA Forest Service Forest Inventory and Analysis (FIA) tree species database, in Newick format.

(((((((((((Pinus_discolor:25.000000,Pinus_cembroides:25.000000)wp1a1:25.000000,(Pinus_edulis:25.000000,Pinus_monophylla:25.000000)wp1a2:25.000000)wp1a:23.500000,((Pinus_longaeva:30.000000,Pinus_balfouriana:30.000000)wp1b1:30.000000,Pinus_aristata:60.000000)wp1b:13.500000)wp1:13.500000,((Pinus_albicaulis:33.333332,(Pinus_flexilis:16.666666,Pinus_monticola:16.666666)wp2a1:16.666666)wp2a:16.666666,((Pinus_lambertiana:21.000000,Pinus_strobiformis:21.000000)wp2b1:21.000000,Pinus_strobus:42.000000)wp2b:8.000000)wp2:37.000000)whitepines:42.000000,(((Pinus_nigra:4.000000,Pinus_resinosa:4.000000)yp1a:15.000000,Pinus_sylvestris:19.000000)yp1:91.000000,(((Pinus_banksiana:26.666666,(Pinus_virginiana:13.333333,Pinus_clausa:13.333333)yp2a1a:13.333333)yp2a1:13.333333,Pinus_contorta:40.000000)yp2a:35.000000,(((Pinus_coulteri:25.714285,Pinus_sabiniana:25.714285)yp2b1a:25.714285,(((Pinus_jeffreyi:12.857142,Pinus_engelmannii:12.857142)yp2b1b1:12.857142,Pinus_washoensis:25.714285)yp2b1b:12.857141,Pinus_ponderosa:38.571426)yp2b1bb:12.857143)yp2b1:12.857143,((((Pinus_taeda:13.392858,Pinus_elliottii:13.392858)yp2b2a1a:13.392858,Pinus_rigida:26.785715,Pinus_pungens:26.785715)yp2b2a1:13.392859,Pinus_serotina:40.178574)yp2b2a:13.392857,(((Pinus_leiophylla:16.071428,Pinus_palustris:16.071428)yp2b2b1a:16.071428,((Pinus_muricata:10.714286,Pinus_radiata:10.714286)yp2b2b1b1:10.714286,Pinus_attenuata:21.428572)yp2b2b1b:10.714285)yp2b2b1:10.714287,Pinus_echinata:42.857143,Pinus_glabra:42.857143)yp2b2b:10.714287)yp2b2:10.714283)yp2b:10.714287)yp2:35.000000)yellowpines:19.000000)Pinus:11.000000,(((Picea_mariana:33.333332,Picea_rubens:33.333332)rubens_mar:33.333332,Picea_breweriana:66.666664)omorika:33.333332,(Picea_glauca:50.000000,Picea_engelmannii:50.000000,Picea_sitchensis:50.000000,Picea_pungens:50.000000)casicta:50.000000,Picea_abies:100.000000)Picea:40.000000)pinespruce:10.500000,((Pseudotsuga_macrocarpa:34.000000,Pseudotsuga_menziesii:34.000000)Pseudotsuga:71.750000,((Larix_lyallii:30.500000,Larix_occidentalis:30.500000)west:30.500000,Larix_laricina:61.000000)Larix:44.750000)Laricoideae:44.750000)pinoides:10.500000,((((Abies_fraseri:18.666666,Abies_balsamea:18.666666)balsam2:18.666666,Abies_lasiocarpa:37.333332)balsam1:18.666666,Abies_amabilis:56.000000,(Abies_concolor:28.000000,Abies_grandis:28.000000)grandis1:28.000000,(Abies_magnifica:28.000000,Abies_procera:28.000000)nobilis1:28.000000)Abies:52.500000,((Tsuga_heterophylla:28.000000,Tsuga_mertensiana:28.000000)tsuga1:28.000000,Tsuga_canadensis:56.000000,Tsuga_caroliniana:56.000000)Tsuga:52.500000)abies_tsuga:52.500000)Pinaceae:82.000000,((((((((Juniperus_virginiana:14.812500,Juniperus_scopulorum:14.812500)smooth:14.812500,Juniperus_ashei:29.625000,Juniperus_monosperma:29.625000,(Juniperus_californica:14.812500,Juniperus_osteosperma:14.812500)cal_ost:14.812500,((Juniperus_coahuilensis:9.875000,Juniperus_deppeana:9.875000)coah_depp:9.875000,Juniperus_occidentalis:19.750000)c_d_occ:9.875000)Juniperus:9.875000,(((Cupressus_sargentii:11.500000,Cupressus_arizonica:11.500000)sarg_ariz:11.500000,Cupressus_macrocarpa:23.000000)Cupressus:8.250000,Chamaecyparis_nootkatensis:31.250000)Cup_noot:8.250000)jun_cup:8.250000,Calocedrus_decurrens:47.750000)jun_cup_cal:8.250000,(Chamaecyparis_lawsoniana:34.000000,Chamaecyparis_thyoides:34.000000)Chamaecyparis:22.000000)jccc:22.000000,(Thuja_occidentalis:39.000000,Thuja_plicata:39.000000)Thuja:39.000000)Cupressoid:22.000000,(Taxodium_distichum:50.000000,Taxodium_ascendens:50.000000)Taxodium:50.000000)cup_tax:76.000000,(Sequoia_sempervirens:100.000000,Sequoiadendron_giganteum:100.000000)sequoia:76.000000)Cupressaceae:67.000000)pin_cup:67.000000,(Taxus_brevifolia:177.000000,Torreya_californica:177.000000)Taxaceae:133.000000)conifers:15.000000,(((((((((((((((Acer_negundo:8.750000,Acer_spicatum:8.750000):8.750000,Acer_glabrum:17.500000):8.750000,Acer_pensylvanicum:26.250000):8.750000,(Acer_macrophyllum:17.500000,Acer_platanoides:17.500000):17.500000)Acer1:21.000000,((Acer_rubrum:17.500000,Acer_saccharinum:17.500000):17.500000,(Acer_saccharum:8.750000,Acer_barbatum:8.750000,Acer_nigrum:8.750000,Acer_grandidentatum:8.750000,Acer_leucoderme:8.750000)Saccharum:26.250000)Acer2:21.000000)Acer:14.500000,((Aesculus_glabra:21.500000,Aesculus_flava:21.500000):21.500000,Aesculus_californica:43.000000)Aesculus:27.500000):14.500000,Sapindus_saponaria:85.000000)Sapindaceae:4.000000,(Ailanthus_altissima:75.666664,(Citrus_sp:62.333332,(Swietenia_mahagoni:49.000000,Melia_azedarach:49.000000)Meliaceae:13.333332):13.333332):13.333333,(Bursera_simaruba:60.000000,(Metopium_toxiferum:30.000000,Cotinus_obovatus:30.000000)Anacardiaceae:30.000000)bursa2anaca:29.000000)Sapindales:6.000000,(Tilia_sp:47.500000,Tilia_americana:47.500000)Tilia:47.500000)eurosid2:23.666664,(((((((Gleditsia_aquatica:10.000000,Gleditsia_triacanthos:10.000000)Gleditsia:17.000000,Gymnocladus_dioicus:27.000000)Umtiza_clade:9.666668,(Albizia_julibrissin:27.500000,((Prosopis_glandulosa:9.166667,Prosopis_velutina:9.166667):9.166667,Prosopis_pubescens:18.333334)Prosopis:9.166666):9.166668)Caesalpinoideae:9.666664,(Cladrastis_kentukea:32.388889,((Robinia_pseudoacacia:4.500000,Robinia_neomexicana:4.500000)Robinia:13.944445,Olneya_tesota:18.444445):13.944445)Papilionoideae:13.944443):9.666667,Cercis_canadensis:56.000000)Fabaceae:53.866669,(((((((Alnus_rubra:35.000000,Alnus_glutinosa:35.000000):35.000000,Alnus_rhombifolia:70.000000)Alnus:7.000000,((Betula_nigra:35.000000,Betula_populifolia:35.000000,Betula_papyrifera:35.000000,Betula_occidentalis:35.000000):35.000000,(Betula_lenta:35.000000,Betula_alleghaniensis:35.000000):35.000000)Betula:7.000000):7.000000,(Carpinus_caroliniana:58.000000,Ostrya_virginiana:58.000000)Ost_Carp_Coryl:26.000000)Betulaceae:6.466667,Casuarina_lepidophloia:90.466667):6.466667,((((Carya_myristiciformis:19.500000,Carya_glabra:19.500000,Carya_ovalis:19.500000,Carya_alba:19.500000,Carya_texana:19.500000,Carya_pallida:19.500000):19.500000,(Carya_ovata:19.500000,Carya_carolinae_septentrionalis:19.500000):19.500000,Carya_laciniosa:39.000000)Eucarya:19.500000,(Carya_aquatica:29.250000,Carya_cordiformis:29.250000,Carya_illinoinensis:29.250000)Apocarya:29.250000)Carya:19.500000,(((Juglans_nigra:14.666667,Juglans_major:14.666667):14.666667,Juglans_hindsii:29.333334):14.666667,Juglans_cinerea:44.000000)Juglans:34.000000)Juglandaceae:18.933334)bet_jug:6.466667,(((((Castanea_dentata:15.500000,Castanea_pumila:15.500000):15.500000,Castanea_mollissima:31.000000)Castanea:15.500000,(Chrysolepis_chrysophylla:23.250000,Lithocarpus_densiflorus:23.250000):23.250000):15.500000,(((((Quercus_stellata:5.666667,Quercus_margarettiae:5.666667,Quercus_similis:5.666667):5.666667,(Quercus_lyrata:5.666667,Quercus_macrocarpa:5.666667,Quercus_bicolor:5.666667):5.666667,(Quercus_michauxii:5.666667,Quercus_prinoides:5.666667,Quercus_muehlenbergii:5.666667,Quercus_prinus:5.666667):5.666667,(Quercus_engelmannii:5.666667,Quercus_oblongifolia:5.666667):5.666667,(Quercus_gambelii:5.666667,Quercus_garryana:5.666667):5.666667,Quercus_alba:11.333333,Quercus_lobata:11.333333,Quercus_sinuata:11.333333,Quercus_rugosa:11.333333,Quercus_oglethorpensis:11.333333,Quercus_arizonica:11.333333,Quercus_douglasii:11.333333)white_oaks:5.666667,(Quercus_minima:5.000000,Quercus_virginiana:5.000000)live_oaks:12.000000)sect_Quercus:12.000000,(((Quercus_laevis:7.250000,Quercus_falcata:7.250000):7.250000,(Quercus_incana:7.250000,Quercus_laurifolia:7.250000,Quercus_nigra:7.250000,Quercus_phellos:7.250000):7.250000,Quercus_pagoda:14.500000,Quercus_shumardii:14.500000,Quercus_palustris:14.500000,Quercus_rubra:14.500000,Quercus_coccinea:14.500000,Quercus_ellipsoidalis:14.500000,Quercus_imbricaria:14.500000,Quercus_marilandica:14.500000,Quercus_velutina:14.500000,Quercus_buckleyi:14.500000,Quercus_ilicifolia:14.500000):7.250000,Quercus_hypoleucoides:21.750000,Quercus_emoryi:21.750000,(Quercus_agrifolia:10.875000,Quercus_kelloggii:10.875000,Quercus_wislizeni:10.875000):10.875000)sect_Lobatae:7.250000)Lob_Quer:12.000000,Quercus_chrysolepis:41.000000)Quercus:21.000000):21.000000,Fagus_grandifolia:83.000000)Fagaceae:20.400002)Fagales:6.466667,((((((Crataegus_sp:12.666667,Crataegus_crus_galli:12.666667,Crataegus_mollis:12.666667)Crataegus:12.666667,Amelanchier_sp:25.333334):12.666666,(Sorbus_americana:19.000000,Sorbus_aucuparia:19.000000)Sorbus:19.000000,(Malus_sp:25.333334,Malus_fusca:25.333334,(Malus_angustifolia:12.666667,Malus_coronaria:12.666667,Malus_ioensis:12.666667):12.666667)Malus:12.666666):12.666668,((Prunus_americana:16.888889,Prunus_nigra:16.888889):16.888889,(Prunus_serotina:16.888889,Prunus_virginiana:16.888889):16.888889,(Prunus_emarginata:16.888889,Prunus_avium:16.888889):16.888889,Prunus_pensylvanica:33.777779)Prunus:16.888889):12.666664,Cercocarpus_ledifolius:63.333332)Rosaceae:12.666667,((((Morus_alba:30.000000,Morus_rubra:30.000000)Morus:43.000000,(Maclura_pomifera:36.500000,Ficus_aurea:36.500000):36.500000)Moraceae:1.000000,(Celtis_laevigata:37.000000,Celtis_occidentalis:37.000000)Celtis:37.000000):1.000000,((((((Ulmus_serotina:10.000000,Ulmus_crassifolia:10.000000):10.000000,Ulmus_thomasii:20.000000):10.000000,Ulmus_alata:30.000000):10.000000,Ulmus_americana:40.000000):10.000000,(Ulmus_rubra:25.000000,Ulmus_pumila:25.000000):25.000000)Ulmus:12.500000,Planera_aquatica:62.500000)Ulmaceae:12.500000)Ulm_Mor_Celt:1.000000,Elaeagnus_angustifolia:76.000000)Rosales:33.866669):6.466667,((((((Populus_balsamifera:15.000000,Populus_balsamifera_trichocarpa:15.000000,Populus_angustifolia:15.000000):15.000000,(Populus_deltoides:15.000000,Populus_deltoides_occidentalis:15.000000,Populus_fremontii:15.000000):15.000000):15.000000,Populus_grandidentata:45.000000,Populus_heterophylla:45.000000,Populus_tremuloides:45.000000,Populus_alba:45.000000)Populus:15.000000,((Salix_alba:20.000000,Salix_amygdaloides:20.000000):20.000000,Salix_sp:40.000000,Salix_nigra:40.000000,Salix_bebbiana:40.000000,Salix_caroliniana:40.000000,Salix_sepulcralis:40.000000)Salix:20.000000)Salicaceae:27.000000,Rhizophora_mangle:87.000000):27.000000,(Triadica_sebifera:57.000000,Vernicia_fordii:57.000000)Euphorbiaceae:57.000000)Malpighiales:2.333336)eurosid1:2.333328,((((Eucalyptus_sp:40.000000,(Eucalyptus_globulus:20.000000,Eucalyptus_grandis:20.000000):20.000000)Eucalyptus:20.000000,Eugenia_rhombea:60.000000):20.000000,Melaleuca_quinquenervia:80.000000)Myrtaceae:20.000000,(Conocarpus_erectus:71.000000,Laguncularia_racemosa:71.000000)Combretaceae:29.000000)Myrtales:18.666664)rosid:2.333333,Liquidambar_styraciflua:121.000000)subrosid:13.000000,(((Arbutus_menziesii:89.000000,Oxydendrum_arboreum:89.000000)Ericaceae:25.000000,Sideroxylon_lanuginosum:114.000000,(Diospyros_virginiana:57.000000,Diospyros_texana:57.000000)Diospyros:57.000000,Gordonia_lasianthus:114.000000,Halesia_sp:114.000000)Ericales:3.000000,(((Catalpa_sp:31.500000,Paulownia_tomentosa:31.500000,Avicennia_germinans:31.500000):31.500000,(((((Fraxinus_pennsylvanica:8.800000,Fraxinus_velutina:8.800000):8.800000,Fraxinus_profunda:17.600000):8.799999,(Fraxinus_americana:13.200000,Fraxinus_latifolia:13.200000):13.200000,Fraxinus_caroliniana:26.400000):8.800001,Fraxinus_nigra:35.200001):8.800000,Fraxinus_quadrangulata:44.000000)Fraxinus:19.000000)Lamiales:27.000000,Ilex_opaca:90.000000)euasterid1n2:27.000000,((((Nyssa_sylvatica:16.666666,Nyssa_biflora:16.666666):16.666666,Nyssa_ogeche:33.333332):16.666666,Nyssa_aquatica:50.000000)Nyssa:14.000000,(Cornus_florida:28.500000,Cornus_nuttallii:28.500000)Cornus:35.500000)Cornaceae:53.000000)asterid:17.000000)coreudicot:13.000000,((Platanus_racemosa:22.500000,Platanus_wrightii:22.500000):22.500000,Platanus_occidentalis:45.000000)Platanus:102.000000)eudicot:16.000000,((Asimina_triloba:121.000000,((((Magnolia_grandiflora:14.000000,Magnolia_virginiana:14.000000):14.000000,Magnolia_tripetala:28.000000):14.000000,Magnolia_acuminata:42.000000,Magnolia_macrophylla:42.000000,Magnolia_fraseri:42.000000)Magnolia:58.000000,Liriodendron_tulipifera:100.000000)Magnoliaceae:21.000000):21.000000,(((Umbellularia_californica:35.000000,Cinnamomum_camphora:35.000000)Umb_Cin:5.000000,Sassafras_albidum:40.000000)Umb_Cin_Sas:4.000000,Persea_borbonia:44.000000)UCSP:98.000000)magnoliid:21.000000)chl2ast:16.000000,(((Sabal_palmetto:33.000000,Thrinax_morrisii:33.000000):33.000000,Roystonea_sp:66.000000):33.000000,Arecaceae_sp:99.000000)Arecaceae:80.000000)angiosperm:146.000000)seedplant:1.000000;


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